В 1147 г. берберская династия Альмохадов (по-арабски «al-Muwahhiddun», то есть «верящие в единого Бога») захватила власть в Испании, которой управляла другая династия берберского происхождения, Альморавиды. К дому Альмохадов принадлежал эмир Севильи Абу Якуб Юсуф, который в 1169 г. начал превращение Алькасабы в Бадахосе в мощную укрепленную резиденцию, окружив ее массивными стенами для защиты от христианских войск.

Неожиданное спасение

В 1169 г. гарнизон замка спасся благодаря парадоксальному случаю: войска португальского короля Афонсу I, которые осаждали Алькасабу, были оттеснены другой христианской армией, возглавляемой королем Леона Фердинандом II. Последний предпочел, чтобы остался в руках арабов и он мог в подходящий момент захватить его, чем способствовать дальнейшему продвижению португальцев на восток. Когда опасность миновала, эмир Севильи решил расширить и усилить ее обороноспособность.

Уничтоженный во время войны 19 марта 1230 г. король Леона Альфонсо IX вернул Бадахос под контроль христиан. Для Алькасабы, которая сохранила свои военные функции, мало что изменилось. Одна из трех существовавших тогда мечетей была превращена в и посвящена Деве Марии (Санта-Мария-дель-Кастильо). Последние работы были осуществлены в XVI в., когда на площади крепости был обновлен герцогов де Рока, которые в то время были правителями Бадахоса. Однако большая часть комплекса была уничтожена во время войны между Португалией и Испанией, кульминацией которой стала осада португальцами Бадахоса в 1660 г.