В отличие от Владимирщины, от нашествия монголо-татар Новгород не пострадал: слишком далёк он был от их пути. С приходом к власти боярских кланов, что произошло ещё в домонгольский период, традиции местного зодчества затихли. Но уже к концу XIII века положение начало улучшаться. Нанеся сокрушительные удары крестоносцам, Новгород начал новую жизнь в своей культуре. Это был единственный из русских городов, который сохранил свою самобытность и культурные традиции былых лет.
Отказ от боковых апсид стал придавать новгородским храмам более современный на тот момент вид. Стала осваиваться чисто кирпичная техника в архитектуре. С постройкой церкви Николы на Липне стали вводиться новые приёмы, упрощающие композицию церквей.
Не менее бурно оживляется культура зодчества с постройкой церкви Спаса на Ильине улице. В XIV веке строятся укрепления вокруг Новгорода. В 1302-1400 годах сильно перестраиваются башни детинца, развивается создание “окольного города”. Каменные стены и башни его значительно обогатили городской ансамбль.
Вторая половина XV века, когда городское боярство стремилось бороться с воссоединением с Москвой, новгородское зодчество принимает более консервативные тенденции. Происходит возрождение обветшалых храмов. Архиепископ Евфимий делал именно такие заказы зодчим, желая воскресить и сохранять “старину”. Под его руководством в 1422-1443 году детинец обносился каменными зданиями. Строили всё это в основном немцы.
Воссоединение Новгорода с Москвой совместило в себе уникальность новгородской культуры с приёмами, господствующими на территории остальной Руси.
А вот в Пскове ничего подобного (каменного церковного строительства) не было – город боролся с агрессией Ливонского ордена, и ему было не до новизны. Хотя в XIII веке основан псковский каменный детинец и появилась стена, присоединившая дополнительные территории к городу. Крупное каменное строительство стало процветать лишь тогда, когда Псковские земли приобрели статус отдельной политической единицы. Это произошло в 1348 году. Троицкий собор – важнейшее проявление подобных тенденций.
Псковские зодчие расширяли территорию города. К XVI веку были построены 9-километровые каменные стены. Появляются небольшие храмы и перекраиваются крепости. Стали псковские храмы уникальны звонницами в виде стенки с пролётами наверху для колоколов.
С конца XIII века начинается бешеный рост влияния Москвы во многих сферах. Увеличивается территория Московского княжества, в его состав входят многие важные в стратегическом и экономическом плане города и регионы. Из-за поддержки местными князьями церкви из Владимира в Москву переехал митрополит. Так Москва стала общерусским церковным центром. А во второй половине XIV века признание за Москвой титула русской столицы было подтверждено всеми землями. Московский князь Дмитрий Донской после разгрома полчищ Мамая в Куликовской битве закрепил авторитет своего города как центра освободительной борьбы. Так Москва стала центром, который наибольшим образом влияет на развитие всей русской культуры. Каменное строительство в городе начало развиваться ещё при княжении Ивана Калиты, прочно глядя на наследие владимиро-суздальской школы. Первые каменные постройки, в их числе и Успенский собор, появились в Московском Кремле. Все они были белокаменными, однако существовало и множество деревянных сооружений.
При Дмитрии Донском Московский Кремль был расширен (1367), к нему были добавлены каменные стены и башни. В конце XIV до самой середины XV века имеется тенденция на постройки скромных четырёхстопных монастырей и храмов. Позже начали проникать элементы готики, под которые многое пришлось подстраивать.
Несмотря на небольшие различия в постройке московских храмов, можно сделать выводы, что в Москве работала одна строительная школа. На единство всей композиции они сильно не влияли.